Etudes structurales et fonctionnelles de l'IRES du VHC

L'IRES du VHC est organisé en une structure secondaire, complexe et hautement conservée comprenant quatre domaines distincts (I-IV). Cette organisation permet la liaison directe du facteur d'initiation eucaryote eIF3 et de la sous-unité 40S du ribosome. eIF3 est un complexe de 13 protéines (~ 800 kDa). Certaines de ses sous-unités montrent une affinité pour l'ARN, et parmi elles deux possèdent des motifs de reconnaissance à l'ARN (MRR) : eIF3b et eIF3g. Afin de déterminer l'implication de ces motifs dans l'interaction ARN-protéine, nous avons cloné les domaines contenant ces motifs MRR. Nous avons étudié l'interaction de l'ARN et/ou domaines d'ARN avec le complexe eIF3 et/ou protéines ou domaines protéiques. Nous avons ainsi calculé les différentes constantes apparentes de dissociation entre ces different complexes. Ces résultats indiquent que la sous-unité eIF3b se lie directement au domaine III de l'IRES via son motif MRR. Dans un deuxième temps, nous avons utilisé la spectroscopie RMN pour identifier précisément les acides aminés impliqués dans cette reconnaissance. Enfin, la technique de SAXS a été mise à profit pour étudier la structure tridimensionnelle de l'IRES.

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Julien Perard, docteur en biochimie des protéines et biologiemoléculaire à l'Université Joseph Fourier de Grenoble I.Thèse soutenue le 13 novembre 2009.