PASSAGE

Die Entwicklung und Einführung von Next-Generation Sequencing-Technologien verändern die Möglichkeiten für Transkriptomstudien immens. Mit der Leistungsfähigkeit der momentanen Sequenziertechnologien können Millionen von Sequenzen in kürzester Zeit sequenziert werden. Mit PASSAGE wird in diesem Buch ein Verfahren zur genomweiten Genexpressionsanalyse ohne ein Referenzgenom vorgestellt. Neben der Analyse von Einzelzellen wird aufgezeigt wie mit PASSAGE auch die Analyse von Metatranskriptomen möglich ist. Ist ein Referenzgenom vorhanden so kann mit PASSAGE der Aufwand der Betrachtung der einzelnen Sequenzen mit eben diesem Verfahren deutlich reduziert werden. Neben der reinen Analyse der Daten wird zudem eine grafische Benutzeroberfläche zur Visualisierung der Ergebnisse vorgestellt. Damit wird dem Anwender eine äußerst effiziente Analyse der Daten ermöglicht. Der Vergleich mit Microarray-Ergebnissen zeigt die Validität dieses Verfahrens zur genomweiten Genexpressionsanalyse an Einzelzellen oder von Metatranskriptomen.

Autorentext

Stephan Körner, Diplom-Informatiker (Bioinformatik): Studium und Abschluss mit Auszeichnung des Studienganges Bioinformatik an der Eberhard Karls Universität Tübingen. Technical Consultant bei der stor-Age GmbH, Rottenburg.

Klappentext

Die Entwicklung und Einführung von Next-Generation Sequencing-Technologien verändern die Möglichkeiten für Transkriptomstudien immens. Mit der Leistungsfähigkeit der momentanen Sequenziertechnologien können Millionen von Sequenzen in kürzester Zeit sequenziert werden. Mit PASSAGE wird in diesem Buch ein Verfahren zur genomweiten Genexpressionsanalyse ohne ein Referenzgenom vorgestellt. Neben der Analyse von Einzelzellen wird aufgezeigt wie mit PASSAGE auch die Analyse von Metatranskriptomen möglich ist. Ist ein Referenzgenom vorhanden so kann mit PASSAGE der Aufwand der Betrachtung der einzelnen Sequenzen mit eben diesem Verfahren deutlich reduziert werden. Neben der reinen Analyse der Daten wird zudem eine grafische Benutzeroberfläche zur Visualisierung der Ergebnisse vorgestellt. Damit wird dem Anwender eine äußerst effiziente Analyse der Daten ermöglicht. Der Vergleich mit Microarray-Ergebnissen zeigt die Validität dieses Verfahrens zur genomweiten Genexpressionsanalyse an Einzelzellen oder von Metatranskriptomen.