Analyse des voies métaboliques en vue d'une thérapie génique

Le réseau métabolique est l'une des classes importantes de réseaux biologiques, constitué de réactions enzymatiques impliquant des substrats et des produits. Les développements récents des bases de données de voies nous permettent d'analyser les réseaux métaboliques connus. Cependant, la plupart des réseaux métaboliques spécifiques à un organisme comportent un certain nombre de réactions enzymatiques inconnues, c'est-à-dire que de nombreuses enzymes manquent dans les voies métaboliques connues, et ces enzymes manquantes sont définies comme des trous dans les voies métaboliques. Bien que toutes les réactions dans certaines voies soient connues, ces voies ont également un trou, le trou dans ce cas signifie que nous ne connaissons pas les gènes derrière ces réactions. Le pilier du cycle de recherche est la collecte de données qui précède la phase d'analyse pour résoudre le trou de la voie. Les données requises pour ce domaine sont dispersées parmi différentes sources de données, ce qui représente un problème pour les chercheurs de ce domaine. Cette thèse fournit une solution à cet obstacle en rassemblant les données requises de diverses sources de données dans une base de données RGBMAPS ; nous avons également développé un outil qui pourrait être utilisé par d'autres chercheurs pour analyser les trous de cheminement.

Autorentext

B.Sc., Dipartimento di Informatica, Facoltà di Ingegneria. Master presso il Dipartimento di Sistemi Informativi, Facoltà di Informatica e Informazione - Università di Helwan, Bioinformatica. Dottorato di ricerca presso il Dipartimento di Informatica, Facoltà di Informatica e Informazione - Università del Cairo, Bioinformatica. Interessi di ricerca: Bioinformatica, deep learning.

Klappentext

Le réseau métabolique est l'une des classes importantes de réseaux biologiques, constitué de réactions enzymatiques impliquant des substrats et des produits. Les développements récents des bases de données de voies nous permettent d'analyser les réseaux métaboliques connus. Cependant, la plupart des réseaux métaboliques spécifiques à un organisme comportent un certain nombre de réactions enzymatiques inconnues, c'est-à-dire que de nombreuses enzymes manquent dans les voies métaboliques connues, et ces enzymes manquantes sont définies comme des trous dans les voies métaboliques. Bien que toutes les réactions dans certaines voies soient connues, ces voies ont également un trou, le trou dans ce cas signifie que nous ne connaissons pas les gènes derrière ces réactions. Le pilier du cycle de recherche est la collecte de données qui précède la phase d'analyse pour résoudre le trou de la voie. Les données requises pour ce domaine sont dispersées parmi différentes sources de données, ce qui représente un problème pour les chercheurs de ce domaine. Cette thèse fournit une solution à cet obstacle en rassemblant les données requises de diverses sources de données dans une base de données RGBMAPS ; nous avons également développé un outil qui pourrait être utilisé par d'autres chercheurs pour analyser les trous de cheminement.