Insilico-Analyse des Docking zwischen HIV-1 PR und Derivaten von CUI

HIV-1-Proteasen (PR) sind Enzyme, die das lange HIV-Polyprotein in kleine funktionelle Peptidfragmente spalten. Diese kleinen Fragmente münden wiederum in das reife HIV. Eine Hemmung der Spaltung des Polyproteins in kleine Peptidfragmente könnte die Regeneration von HIV verhindern. Computergestütztes Docking zwischen HIV-1 PR und Derivaten von zyklischen Harnstoffinhibitoren (CUIs) hat uns Anhaltspunkte für die Entwicklung von Medikamenten gegen AIDS geliefert. Computergestützte Ansätze wurden verwendet, um Liganden (CUIs) an HIV-1 PR anzudocken, um die Spaltung zu stoppen. CUIs sind eine siebengliedrige Ringstruktur einer zyklischen Harnstoffverbindung. Sie enthalten die Wasserstoffbrückenbindungsäquivalente eines enzymbindenden Wassermoleküls in einem niedrigen Molekulargewicht. Unsere Ergebnisse deuten darauf hin, dass einige Derivate von CUIs an HIV-1 PR binden, wodurch die Funktion von HIV-1 PR (Spaltung einer langen Proteinkette in ein kleines Peptidfragment) gestoppt werden kann.Die Auswertung der Docking-Ergebnisse wurde auf der Grundlage der sterischen Komplementarität durchgeführt. Dies kann als die beste Anpassung des Liganden an die Enzymtasche bezeichnet werden.

Autorentext

Dhruv Kumar, dottore di ricerca in Biologia cellulare, molecolare e industriale, presso il NanoBioScience Lab, Dipartimento di Biochimica, Università di Bologna, Italia. M.Sc in Bioinformatica con lode presso l'Università di Allahabad, India. Laurea in Chimica (Hons) presso il Dipartimento di Chimica, Facoltà di Scienze, Banaras Hindu University (BHU) India.