Metabolische Datenbanken in der Stoffflussanalyse

Fortschritte auf dem Gebiet der Biologie und der Einsatz von Hochdurchsatzmethoden führen zu einem immer größeren Datenaufkommen. Gleichzeitig sind eine Vielzahl von Werkzeugen für die Analyse und Modellierung dieser Daten entwickelt worden. In diesem Zusammenhang kann eine Datenbank den Benutzer optimal unterstützen und bietet die Grundlage für eine sinnvolle Organisation und Verwaltung der Daten. Die Entwicklung einer Datenbank für den Einsatz in der metabolischen Stoffflussanalyse stellt einen hohen Anspruch an den konzeptionellen Entwurf. Es sollen unter anderem Informationen über Moleküle und Reaktionen gespeichert werden, die für eine Modellierung von Bedeutung sind. Eine Besonderheit stellt die Speicherung von sogenannten Atom- Transitionen dar, welche für die isotopenbasierte Stoffflussanalyse von entscheidender Bedeutung sind. Zur Datenpräsentation und Datenbankabfrage kommt eine 4-Schichten-Architektur nach Standards der Java Enterprise Edition zum Einsatz. Diese Techniken bringen eine hohe Skalierbarkeit, Transaktionsschutz und eine vollkommene Systemunabhägigkeit mit sich.

Autorentext

Dipl.-Bioinformatiker (FH): Studium an der Fachhochschule Oldenburg/Ostfriesland/Wilhelmshaven. IT Consultant bei der msg systems ag, München.